Em 6 de Outubro de 1921 foi publicado o Decreto que previa a criação de um Consulado de 2ª classe em Zagreb.
A República da Croácia foi formalmente reconhecida por Portugal em 15 de janeiro de 1992.
Portugal e a Croácia estabeleceram relações diplomáticas e consulares em 3 de Fevereiro de 1992.
Entre 1992 e 1999 (ano da abertura da Embaixada em Zagreb), estiveram acreditados sucessivos Embaixadores não residentes em Viena.
O primeiro chefe da Missão Diplomática de Portugal em Zagreb foi a Embaixadora Ana Hidalgo Barata que apresentou as suas cartas credenciais ao Primeiro Presidente da Croácia, Franjo Tuđman, no dia 16 de Setembro de 1999.
A presente Chefe de Missão é a Embaixadora Paula Leal da Silva, que apresentou credenciais a Sua Excelência o Presidente da Croácia no dia 2 de dezembro de 2020.
Pode aceder à lista dos Chefes da Missão de Portugal em Zagreb consultando o sítio internet do Instituto Dilplomático.